Le Big Data au secours de l’environnement

Oceanographie

Prochlorococcus marinus, une cyanobactérie marine étroitement liée au cycle mondial du carbone est massivement présente dans l’eau de mer. Cette petite algue intéresse fortement les laboratoires biologiques : elle garderait les secrets des futurs changements climatiques.
Ces secrets pourraient voir le jour bien plus rapidement qu’on ne le pensait avec l’aide des nouvelles technologies Big Data.

 

Avec la capacité de collecter des volumes de données toujours plus importants, constitués de données de différents types, les chercheurs en écologie font face à de nouveaux défis :

  • Réduire le temps et le coût des expéditions pour collecter des échantillons de l’océan ;
  • Traiter des volumes de données très grands et variés ;
  • Extraire rapidement les séquences ADN des millions d’organismes présents dans chaque échantillon d’eau ;
  • Réaliser des corrélations entre les échantillons et les 500 métadonnées qui accompagnent chaque relevé : concentration des métaux dans l’eau, position GPS, date et heure, propriétés physiques et chimiques de l’eau, intensité lumineuse…

En bref, les laboratoires sont confrontés à un problème de “Big Data” : des volumes de données hétérogènes conséquents à traiter rapidement, qui ralentissent considérablement l’avancée des recherches et qui peuvent empêcher des découvertes importantes.

Le “Chisholm Lab” est un laboratoire spécialisé dans l’océanographie microbienne qui étudie actuellement le rôle du Prochlorococcus dans le métabolisme des océans. Depuis plusieurs années le laboratoire stocke des échantillons d’eau de mer congelés provenant du monde entier, dans l’espoir d’être un jour en mesure d’analyser toutes les données contenues dans les échantillons.
La plateforme BigDAWG qui met à disposition des laboratoires des outils Big Data, permet dorénavant aux scientifiques du Chisholm Lab d’explorer rapidement de grands volumes de données, de visualiser en temps réel les données relevées par les bateaux de recherche afin de les guider vers des échantillons d’eau de mer optimaux, et de créer des modèles prédictifs en 3D.
Grâce à l’utilisation des outils Big Data, les analyses des échantillons congelés ont débuté avec pour objectif la découverte de relations entre la diversité des Prochlorococcus et les variables environnementales pour anticiper les futurs changements climatiques.

Article identifié sur Istc Big Data [Le 07/09/2016]

Laisser un commentaire

Votre adresse de messagerie ne sera pas publiée. Les champs obligatoires sont indiqués avec *